Setelah direkrut secara tidak sengaja, Ejen Ali yang berusia 12 tahun menerima perannya sebagai mata-mata MATA dan satu-satunya penguasa IRIS saat ini. Namun tanpa sepengetahuan Ali, MATA sedang mengembangkan versi baru IRIS yang lebih baik, IRIS Neo. Ketika IRIS Neo mulai digunakan untuk semua agen, Ali mulai mempertanyakan kegunaannya bagi MATA. Dia didekati oleh seseorang misterius bernama Niki yang mengaku tahu tentang keberadaan orangtuanya yang hilang. Mempertaruhkan kesetiaannya kepada MATA, Ejen Ali sekarang akan memulai pengejaran yang mendebarkan untuk mengungkap hubungan misterius tersebut.