Pulau Koumi, sebuah pulau yang indah di Samudera Pasifik. Di pulau ini, orang-orang meneruskan legenda lama dari generasi ke generasi bahwa ada Istana Dasar Laut, reruntuhan kuno di dasar laut, di mana harta karun 2 bajak laut wanita, Anne Bonnie & Mary Reed (yang benar-benar ada 300 tahun yang lalu), tertinggal. Ketika Conan dan teman-temannya mengunjungi Pulau Koumi saat berlibur, mereka bertemu dengan beberapa pemburu harta karun. Ada sesuatu yang mencurigakan dari mereka.