Film ini berlatar belakang kapal Aegis yang canggih dengan kerja sama penuh dari Kementerian Pertahanan dan Pasukan Bela Diri Maritim Jepang di dunia nyata. Mayat seorang anggota Pasukan Bela Diri telah ditemukan – tanpa lengan kiri – dan seorang mata-mata telah menyusup ke dalam kapal Aegis. Sang pahlawan wanita, Ran, berada dalam bahaya, dan Conan dipaksa untuk menghadapi mata-mata berbahaya “X”.