Kapal yang membawa Boruto, teman-temannya, dan penduduk Pulau Dotou tewas di dalam air. Seorang pembuat kapal Kajiki dan muridnya Ikada kebetulan lewat dan menawarkan untuk memperbaiki kapal di pulau pembuat kapal tempat mereka tinggal. Setibanya di pulau itu, Boruto dan teman-temannya berusaha melakukan apa pun untuk membantu sambil menunggu kapal mereka diperbaiki. Sementara itu, di lautan dekat Negeri Air, bentrokan antara bajak laut Klan Funato dan Negeri Air semakin tak terhindarkan.