Kiyotaka Ayanokouji yang melankolis dan tidak termotivasi menghadiri hari pertamanya di Tokyo Metropoiltan Advanced Nurturing High School, sebuah lembaga yang didirikan pemerintah untuk melatih generasi terbaik dan tercerdas di Jepang. Di sekolah ini, katanya, segala sesuatunya diputuskan berdasarkan prestasi, termasuk tunjangan “poin” bulanan yang dapat dibelanjakan siswa di toko-toko lokal. Saat Ayanokouji mulai menavigasi sistem ini, dia juga membina hubungan penasaran dengan sesama orang luar Suzune Horikita dan Kikyou Kushida yang sangat suka berteman.