Kogoro, Conan, dan Ran sedang mengunjungi Prefektur Nagano ketika mereka bertemu dengan Inspektur Yamato dan rekan-rekannya dari Polisi Prefektur Nagano. Conan dan teman-temannya mengunjungi reruntuhan Kuil Kansuke dan makam Yamamoto Kansuke. Saat mengunjungi Sungai Chikumagawa, tujuan akhir mereka, kepala Inspektur Shigeru Takeda yang terpenggal ditemukan di sungai. Pada bagian dahi tubuh terdapat tanda menyerupai jejak kaki burung pelatuk. Diduga, kelompok misterius yang dikenal dengan nama Masyarakat Pelatuk ada di Kepolisian Prefektur Nagano. Yamato dan rekan-rekannya mencari seseorang yang mungkin menaruh dendam terhadap Takeda ketika dua kasus yang melibatkan Takeda muncul kembali.