Conan dan teman-temannya, bersama dengan asisten wali kelas Wakasa, menemukan sebuah kerangka di gudang tua di sekolah. Korban meninggal sekitar sepuluh tahun sebelumnya. Sepuluh tahun yang lalu, sekelompok pencuri yang terdiri dari empat orang membobol rumah seorang pria kaya dan melarikan diri dengan emas batangan senilai 200 juta yen. Pada malam yang sama, sekelompok orang yang mencurigakan terlihat memasuki Sekolah Dasar Teitan. Conan dan teman-temannya berusaha memecahkan kode yang tertulis di ikat kepala yang ditemukan di tangan kerangka tersebut. Conan menyadari bahwa jadwal pelajaran yang ditemukan Ayumi di gudang penyimpanan adalah kunci untuk memecahkan kode tersebut.