Conan, Kogoro, Amuro, dan koki Irohazushi, Wakita, naik kereta ekspres terbatas Azusa ke Nagano. Awalnya, Sonoko seharusnya ikut bersama mereka, tetapi dia jatuh sakit. Karena Ran tetap tinggal untuk mengunjungi temannya, Amuro dan Wakita menggantikannya dalam perjalanan karena klien Nichihara Taisei bersikeras dalam suratnya kepada Kogoro agar dia membawa rombongan berempat. Dalam surat tersebut, terdapat sebuah kode yang ditulis dalam huruf katakana. Permintaan klien tersebut adalah, “Teman lama saya gantung diri di sebuah gereja yang ditinggalkan di pegunungan Nagano, dan saya tidak tahu mengapa. Tolong pecahkan kode itu dan beritahu saya yang sebenarnya.” Di kapel gereja terbengkalai yang mereka datangi, mereka menemukan lima mantan teman sekelas Nichihara di SMA…