Conan, Kogoro, Amuro, dan koki Irohazushi, Wakita, bergabung dengan klien mereka, teman sekelas SMA Nichihara Taisei, yang berjumlah sembilan orang. Mereka membagi tanggung jawab dan mulai bersiap untuk bermalam di gereja yang ditinggalkan, tetapi pekerja kantor Wada ditemukan tewas di toilet, ditembak di dahinya dengan panah. Mereka mulai berakting berpasangan, dan ketika Conan dan Amuro sedang berduaan, dia mengajukan sebuah pertanyaan. Pada saat yang sama, suara pecahan kaca berdering di seluruh gereja … Sementara itu, inspektur polisi Nagano, Morofushi, melihat Amuro di video TKP dan ingat pernah melihat dia di suatu tempat sebelumnya…