Conan, Kogoro, Amuro, dan koki Irohazushi, Wakita, tiba di sebuah gereja yang terbengkalai, di mana serangkaian pembunuhan terjadi. Kelompok ini berkumpul di sekitar empat kode tertulis yang merupakan kunci untuk memecahkan misteri tersebut, tetapi mereka kesulitan untuk menguraikannya. Saat itu, mereka menerima telepon dari inspektur polisi Nagano, Yamato, yang sedang membersihkan salju dari terowongan. Dia memberi tahu mereka bahwa mereka akan tiba dalam waktu sekitar tiga jam…