Conan dan Kogoro menemukan mayat presiden Tsukuba Corporation, Tsukuba. Dia meninggal setelah jatuh dari atap gedung, dan sebuah pesan misterius ada di dalam sakunya. Ketika mereka mengunjungi kantornya untuk mengumpulkan informasi, para karyawan merespons pesan tersebut dengan kata-kata, “ketiga kalinya adalah pesona”. Tsukuba diserang dua kali dalam kurun waktu beberapa hari. Tepat ketika polisi memutuskan untuk menyelidiki kematian itu sebagai serangan yang berhasil dilakukan oleh pelakunya, bibi Tsukuba muncul dan mengatakan bahwa dia menerima telepon yang menunjukkan bahwa itu mungkin bunuh diri. Polisi mulai menyelidiki kematian itu sebagai pembunuhan dan bunuh diri, tetapi…