Sejak kegagalannya menyelamatkan Jun, Shu menderita kenangan traumatis tentang Virus Kiamat dan berhalusinasi melihat orang-orang terinfeksi yang membuat Undertakers harus menghentikan misi untuk menghentikan konvoi. Tidak ingin bergabung dengan mereka lagi, Gai mengusir Shu dari Undertakers. Kembali ke rumah, Shu mendapati Inori pergi tetapi tidak sebelum memberikan lagu barunya tetapi dia menamparnya setelah mendapat serangan panik. Tertekan, di sekolah Shu bertanya kepada Hare apakah dia bisa dekat dengannya tetapi dia menamparnya karena dia bukan pengganti Inori dan dia bukan Shu yang dia cintai dan kenal. Sementara itu, Mayor Jenderal Yan telah menempatkan Shuichiro sebagai tahanan rumah karena mencuri meteorit Virus Kiamat dan berencana untuk membawanya ke luar negeri, yang mana Gai dan Undertaker berencana untuk menyerang pesawat yang mengangkut kargo tersebut dan mengambilnya. Namun, tanpa sepengetahuan GHQ dan Undertakers, Seiga dan Anti Bodies memiliki rencana lain dan mulai memvaksinasi diri mereka sendiri. Saat Gai dan timnya masuk ke dalam pesawat pengangkut, mereka mendapati pesawat tersebut kosong dan terlambat menyadari bahwa itu adalah jebakan. Seiga mengaktifkan resonansi genetik yang disiarkan di Tokyo Tower yang menyebabkan meteorit menyebarkan virus ke seluruh Tokyo dan menyebabkan kekacauan. Dengan GHQ dan Undertakers yang berantakan karena virus, Anti Bodies menyerang keduanya dan menyelamatkan Shuichiro dari kurungannya yang mana Shuichiro menyaksikan kekacauan tersebut dari Markas Besar GHQ dan menyatakan bahwa ia akan menyelesaikan apa yang telah ia mulai sejak 10 tahun yang lalu.