Pada tahun 2029, Bagian 9, sekelompok polisi yang diperkuat secara cyber, dipanggil untuk menyelidiki dan menghentikan peretas yang sangat dicari yang dikenal sebagai ‘The Puppetmaster’. Ghost in the Shell 2.0 adalah versi reproduksi dari versi aslinya tahun 1995. Di antara banyak peningkatan, untuk rilis film 2.0, terdapat sejumlah adegan yang dirombak dengan animasi 3D, peningkatan visual, dan soundtrack yang direkam ulang dalam suara surround 6.1.