Dalam waktu dekat, dunia dikuasai oleh Smart Brain Corporation, dengan 90% populasi adalah Orphnoch, dan umat manusia yang dulunya terkemuka hampir punah. Takumi Inui, Kamen Rider Faiz, pernah dianggap sebagai penyelamat umat manusia, hingga akhirnya dalam sebuah serangan oleh pasukan Smart Brain, ia dianggap tewas. Sejak saat itu, kelompok pemberontak manusia telah melakukan serangan ke kompleks Smart Brain dalam upaya untuk mencuri Sabuk Kaisar yang sangat rahasia, namun tidak berhasil. Kiba Yuji, Naoya Kaidō dan Yuka Osada berusaha meredakan ketegangan di antara kedua ras, namun pertemuan damai mereka terganggu oleh pasukan Smart Brain dan pejuang terbaru mereka, Kamen Rider Psyga. Takumi, yang meyakini dirinya adalah seorang tukang sepatu muda bernama Takeshi, mendapatkan kembali ingatannya dan menjadi Kamen Rider Faiz lagi untuk menyelesaikan masalah dengan Smart Brain untuk selamanya.