Run Boy Run adalah kisah nyata Jurek, seorang anak laki-laki berusia delapan tahun, yang melarikan diri dari ghetto Warsawa, kemudian berhasil bertahan hidup di hutan dan bekerja sebagai buruh tani, menyamar sebagai anak yatim piatu Polandia. Dia bertemu orang-orang yang akan mengkhianatinya demi mendapatkan hadiah, yang akan memukulinya atau mencoba membunuhnya, dan dia bertemu dengan orang-orang yang akan melakukan dan mempertaruhkan hampir segalanya untuk membantunya. Ketahanan Jurek diuji saat sebuah kecelakaan melumpuhkannya dan membuatnya semakin sulit mendapatkan pekerjaan. Tapi dia berjuang melawan segala rintangan. Akhirnya Rusia mencapai daerahnya dan Jurek bahkan menemukan sebuah keluarga di mana dia bisa tinggal. Namun dia dikhianati lagi, dan seorang pemuda dari panti asuhan Yahudi dengan paksa mencoba membawa Jurek kembali ke bangsanya dan keyakinannya.