Dua tahun setelah peristiwa Perang Ninja Besar Keempat, bulan yang diciptakan Hagoromo Otsutsuki dahulu kala untuk menyegel Patung Gedo mulai turun ke dunia, mengancam untuk menjadi meteor yang akan menghancurkan segala sesuatu yang terkena dampaknya. Di tengah krisis ini, seorang keturunan langsung dari Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki berusaha menculik Hinata Hyuga namun berakhir dengan menculik adik perempuannya, Hanabi. Naruto dan sekutunya sekarang melakukan misi penyelamatan sebelum menemukan diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib semuanya.