Soul Translator adalah sebuah antarmuka yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna-teknologi yang setara dengan jiwa manusia-dan pada dasarnya berbeda dengan metode ortodoks dalam mengirimkan sinyal ke otak. Lembaga swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan ciptaan mereka dengan meminta bantuan Kazuto Kirigaya. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di dunia nyata yang dihasilkan oleh Penerjemah Jiwa. Sesuai kontrak kerahasiaan, semua kenangan yang dibuat oleh mesin di dunia virtual akan dihapus saat kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya dapat mengingat satu nama, Alice, yang menimbulkan rasa gelisah.
Ketika Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang ke rumah pada suatu malam, mereka bertemu dengan musuh yang tidak asing lagi. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika sadar, dia menemukan bahwa dia telah masuk ke Dunia Bawah tanpa ada jalan untuk melarikan diri. Dia memulai sebuah pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.
