Kapal selam MSDF bertabrakan dengan kapal selam nuklir A.S., menghancurkan seluruh 76 orang di dalamnya, termasuk CO-nya, Shiro Kaieda. Namun, krunya selamat. Kecelakaan tersebut merupakan cerita kedok untuk membawa awak kapal selam MSDF menaiki Seabat, kapal selam nuklir yang diam-diam dibangun oleh pemerintah Jepang dan AS. Namun, Kaieda memuat Seabat dengan rudal nuklir dan tiba-tiba memberontak dan melarikan diri.