Di bawah bayang-bayang Jepang, sebuah pertempuran rahasia terus berlangsung. Sekitar 200.000 ninja masih ada yang menjalankan misi mematikan sebagai organisasi rahasia, Intelijen Nasional NINJA, atau NIN. Namun seorang penantang muncul: UNDER NINJA. Dikenal sebagai PBB, para ninja ini menentang NIN di setiap kesempatan. Salah satu dari UN adalah Kuro, seorang penyendiri dari sekolah menengah yang dikirim ke garis depan. Bagaimana nasibnya dan faksi mana yang akan menang?
