Berlatar tahun 2000 (antara peristiwa Patlabor dan Patlabor 2), ketika tingkat kecelakaan Buruh mulai meningkat di sekitar Teluk Tokyo, detektif polisi Kusumi dan Hata ditugaskan untuk menyelidikinya. Apa yang mereka temukan mengarah pada serangkaian upaya menutup-nutupi pemerintah, konspirasi mengenai senjata biologis baru berjudul WXIII-Wasted Thirteen, dan hubungan pribadi yang tragis dengan Hata. Satu-satunya harapan untuk menghentikan ancaman ini adalah bekerja sama dengan militer dan memimpin WXIII bertarung dengan Buruh Divisi Kendaraan Khusus 2.